咖啡在发酵时会发生一系列的反应。首先，咖啡豆中的糖分会分解为酒精和二氧化碳，这就是我们通常所说的“发醇”。这个过程在咖啡豆进入焙炒机时就开始了。当咖啡豆被加热时，二氧化碳气体被挤压出来，使豆子膨胀。当咖啡豆冷却后，剩下的只有一种新的、完全不同的味道。

此外，咖啡豆中的蛋白质和脂肪在发酵过程中也会发生变化。蛋白质分解为氨基酸，这使得咖啡具有了独特的香气和口感。而脂肪在发酵过程中可能会被氧化，产生一种类似于坚果的味道。

最后，咖啡的颜色也会因为发酵而发生变化。在咖啡豆发酵过程中，它们会吸收周围的氧气，颜色从绿色变为棕色。这个过程也被称为“咖啡豆的熟成”。

总的来说，咖啡的发酵过程是一种自然的变化过程，通过这个过程，咖啡豆中的各种成分会发生化学反应，从而改变咖啡的口感和香气。

自然发酵 (NATURAL FERMENTATION)

在咖啡进行自然发酵的过程中,正进行着好几种不同方式的生物过程.在这些过程中,酵母和微生物开始破解糖和咖啡的黏液质而产生了酶.这会使糖降解为脂质,蛋白质和酸,把它转变为酒精酸.这会改变味道的构成,颜色和PH以及黏液质的构成.
酵在这些过程中被称为saccharomyces cerevisiae（面包酵母或酿酒酵母）.这是一个有机微生物过程,它是一种纯天然的野生酵母也可以在葡萄的表皮或者可可豆和其他水果的表皮中一找到.通常在酿酒工艺里出现,也可以在咖啡生产工程中找到.
这种微生物被称为乳酸杆菌.咖啡,不像葡萄一样能适应这样野生的酵母和微生物的发酵过程,它更依靠风土环境（terroir）和微气候（microclimate）来支持这个过程.
发酵的速度取决于影响新陈代谢的不同因素,比如内部温度,内部系统的类型,发酵时间,咖啡胶质的质量,胶质酸,氧气通道当然还有卫生环境.
以上的这些是最终去影响咖啡品质的因素,也会该变或者完善咖啡的完整性.关于自然发酵有几种类型:
Dry fermentation 干发酵
Wet fermentation 湿发酵
Closed fermentation 闭合发酵