如果咖啡店关门，充值卡还有余额的话，可以参考以下方法：

1. 联系咖啡店经营者：可以通过电话或当面沟通的方式，询问咖啡店关门的原因，以及充值卡余额的处理方式。

2. 协商退款：如果咖啡店关门，且无法继续经营，那么可以与经营者协商退款。

3. 消费使用：如果咖啡店只是短暂的关门，预计时间较短，在短时间内可以重新开业，那么可以先去咖啡店消费，等重新开业再使用充值卡余额。

4. 投诉维权：如果与经营者协商无果，或者认为经营者的行为违反了法律规定，可以向相关的部门投诉，或者寻求法律援助维护自己的合法权益。

以上建议仅供参考，具体的处理方式需要根据咖啡店和充值卡的具体情况来决定。

【市民反映】昨天，市民朱女士来电反映，她去年在万马滨河城附近的方糖咖啡办了一张充值卡，最近几次晚上开车过去，发现店门紧闭，她担心咖啡店关门了。

【记者探访】卡是去年年后办的，陆续去过几次，现在卡里的钱还没用完。朱女士称，最近一段时间，她3次晚上开车路过，都看到店里黑黢黢的，大门紧闭，而咖啡店的营业时间是到凌晨。她担心咖啡店是不是关门了，充值卡的钱打水漂。

昨天下午，记者在万马滨河城找到了这家咖啡店。咖啡店大门关着，据附近店家介绍，咖啡店最近才关门的，应该是不开了。记者在咖啡店门口看到了一则通知，因本店将经营重心转移至外地，无暇打理。从今日起结束营业。因会员较多，将于一月统一办理会员退会，为方便办理手续请大家联系进行登记。通知上留了一个手机号码，但没有注明发布日期。

【店方回应】昨天，记者根据店家留下的号码联系上了一位工作人员，对方表示，咖啡店是上个月关的，没有消费完的充值会员，可以用手机编辑短信，将办卡时的姓名、电话以及卡号发至她的手机，她会逐一登记，预计1月20日将安排顾客去店里退款，如果顾客不方便过去，也可以直接通过支付宝、微信转账退款。